Khởi đầu của ngôi thiền viện là vào năm 2002, gia đình Phật tử Từ Vân đã phát tâm dâng cúng khu đất tại Ấp 7, xã Tam Lập, huyện Phú Giáo, tỉnh Bình Dương lên Hòa thượng Thích Thanh Từ, với tâm nguyện là Hòa thượng sẽ tạo lập nơi đây một ngôi thiền viện, một đạo tràng tu học trang nghiêm cho từ chúng cùng về đây tu học. Kể từ đó, do chưa hội đủ duyên lành nên khu đất đó vẫn tồn tại dưới dạng nông thiền.

Vào giữa năm 2013, khi duyên lành hội đủ, được sự cho phép của chính quyền sở tại và sự hỗ trợ của Phật tử gần xa, Ban quản trị thiền phái Trúc Lâm Yên Tử đã khởi công xây dựng ngôi thiền viện trên khu đất ấy và đặt tên là Thiền viện Trúc Lâm Thanh Nguyên.

Sáng ngày 7/9/2014 (Nhằm ngày 14/8/Giáp Ngọ), lễ khánh thành Thiền viện Trúc Lâm Thanh Nguyên và an vị tượng Phật đã được diễn ra long trọng và trang nghiêm, dưới sự chứng minh của chư tôn đức lãnh đạo giáo hội, chư tôn đức tăng ni tại các tự viện thuộc tỉnh Bình Dương và các tỉnh thành lân cận, chư tôn đức tăng ni trong thiền phái Trúc Lâm Yên Tử, cùng với sự hiện diện của các cấp lãnh đạo chính quyền cấp trung ương và địa phương và đông đảo đồng bào Phật tử từ khắp nơi về dự lễ.